これ、何度も遭遇してそのたびに調べてるのでメモ。
こちらを参考にsmoothScroll.jsでモーダル部分のidがスムーススクロールの影響を受けないようにして解決いたしました。ありがとうございました。

http://blog.webcreativepark.net/2007/07/12-143406.html